電鍋爐在運行的時候消耗的電能，所以其運行成本的降低要從節約電費開始，但是要在保證電鍋爐預期運行效果的前提下。在實際工作中，有很多操作要求都是為此而設計的，所以都必須要嚴格遵守。
首先一點是要合理選擇電鍋爐的功率，主要的參照依據就是采暖面積的熱負荷，通常情況下，建筑結構、高速、采光面積、位置等的不同，它的熱負荷也是有區別的，再次基礎上計算得到的功率才是合理的。
有一些用戶認為，如果電鍋爐的功率越小，就越能節省運行費用。但其實并不是這樣的，因為如果所選用的電鍋爐功率不夠的話，不但達不到溫度要求，還有可能造成電鍋爐連續不停機使用，會直接縮短設備的使用壽命。
其次，應該要合理調整電鍋爐的供回水溫差，目的是為了提高傳熱系數，使電鍋爐效率變高，從而大幅度降低整個電鍋爐采暖期的運行費用。
關于電鍋爐的溫度，還需合理設置的有它的上限溫度、夜晚控制溫度等，由于電鍋爐是間歇工作的，當供水溫度小于設置的上限溫度時，電鍋爐開始加熱；而當供水溫度到達上限溫度時，電鍋爐就會進入保溫狀態。所以說，不能將電鍋爐的上限溫度設置過高。
當電鍋爐用于采暖系統中的時候，夜晚對于溫度的要求并不會很好，這種情況下就要將溫度適當調低，也可以節省一部分運行費用。盡可能的在電鍋爐中安裝恒溫閥，使溫度處于恒定狀態，達到節省運行費用的目的。